Der Kagera fließt in den Viktoriasee. Als Viktorial-Nil verlässt er den See und bildet die Ripon-Fälle, fließt durch den Kiogasee, überquert die Zentralafrikanische Schwelle (Murchisonfälle) und mündet in den Albertsee. Als Bar el-Dschebel fließt er im Zentralafrikanischen Graben nach Norden und bildet im Südsudan ein weites Sumpf- und Überschwemmungsgebiet. Von links fließen der Bar el-Ghasal, von rechts später, der aus dem äthiopischen Hochland kommende Sobat hinzu. Von dieser Stelle aus wird der Fluss "Weißer Nil" (Bahr el-Abiad) genannt. Bei Khartum wiederum fließt dieser mit dem sogenannten "Blauen Nil" (Bahr el-Asrak, der als Abai  in 280 Metern Höhe in Äthiopien entspringt, zusammen. Der Nil nimmt in Nubien noch rechts den Atbara auf. Durch die Höhenunterschiede in der Nubischen Wüste eingeengt, bildet das Flussbett einen großen S-förmigen Doppelbogen und verursacht die sechs Katarakte bei Assuan. In Ägypten fließt der Nil, zumeist auf der Ostseite des bis zu 15 km breiten Tales. 20 km nördlich von Kairo beginnt das große Nildelta mit den beiden Hauptarmen Rosette und Damiette.

Die Überschwemmungen, die der Nil von Juni bis Oktober verursacht, beruhen auf dem Hochwasser, der aus Äthiopien stammenden Zuflüsse. Die Bewässerung wird durch Staudämme (Assuan, Esna, Assiut und Kaljub) gelenkt.